GPU 运算的学习笔记

orionsnow

目的1，验证GPU 在矩阵求逆方面的速度。

在 borland c 下 和在被R 呼叫的c 下。

第一日，

搞定一台n显卡的电脑。

安装 win7 64 位

安装了visual box。 然后没有找到64 位的suse

装了一个32 位的opensuse。

以前用过dos 和文字界面的linux，不过现在都快忘干净了。

找到 http://cn.opensuse.org/OpenSUSE_Beginners_Quick_Tour
学基本操作。

然后装 R-32 位。

明天计划装 n厂的 控制软件和borlandc。

然后还有latex，texcenter, statweave 乱七八糟的一堆东西要装。

webcxc

为什么不写本本上？

bioapt

老久以前玩过， GPU的CUDA还是很猛的。
cuda的hmmer, mpiblast都还不错。 速度系人， 不过稳定性感觉一般。  大规模计算还是信任sge多点。

orionsnow

为什么不写本本上？
webcxc 发表于 2010-11-2 17:34

不方便查阅阿。再说这里牛人多，放在这里分享有问题也好问。

2
suse 下边安装R， 好像很方便，居然有安装包，只要点一下就全搞定了。

不过现在只有commandline 的R， 还没有找到图形界面的怎么调出来。

安装package 的时候和我在ipad 上边到一样的权限问题。 说没有写入，/use/lib/。。。 的权限。

> install.packages("mvtnorm")
Warning in install.packages("mvtnorm") :
  'lib = "/usr/lib/R/library"' is not writable
Would you like to create a personal library
'~/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12'
to install packages into?  (y/n) y
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Loading Tcl/Tk interface ... done
trying URL 'http://cran.rakanu.com/src/contrib/mvtnorm_0.9-92.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 306386 bytes (299 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 299 Kb

* installing *source* package ‘mvtnorm’ ...
** libs
Warning: R include directory is empty -- perhaps need to install R-devel.rpm or similar
gcc -std=gnu99 -I/usr/lib/R/include  -I/usr/local/include    -fpic  -fomit-frame-pointer -fmessage-length=0 -O2 -Wall -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector -funwind-tables -fasynchronous-unwind-tables -c miwa.c -o miwa.o
In file included from miwa.c:18:0:
miwa.h:22:15: fatal error: R.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [miwa.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘mvtnorm’
* removing ‘/home/user/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/mvtnorm’

The downloaded packages are in
        ‘/tmp/RtmpVfAero/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("mvtnorm") :
  installation of package 'mvtnorm' had non-zero exit status

bioapt

楼上的R没有装全，
R-patched-devel也要装上。
devel:languages:R:patched

R的install.packages可以安装在home, 不需要root权限的。

linux下R的X都是第三方开发的， 用过好几个不过说真的都不满意， 最后还是console下干活就方便。

如果喜欢的话你可以试试JGR, 还有R-GUI, 都能用的。

还有R有支持cluster的， 直接上cluster比GPU好使。

orionsnow

jgr 刚出来的时候拿来玩过一阵， 功能还可以。 不过它是用 java 写的，调用c 函数包的时候好像只能读一个指针，其他的指针会出错。 我有一个关键的包在 r console 下边完全没有问题，在jgr 下边一用就死机，后来我就不用了。

install.packages() 怎么指定home 目录？ 我基本上是linux 盲。

这里找到一些提示。

让修改 .cshrc.more file

http://www.stat.osu.edu/computer ... your-home-directory


cluster 也是个办法，但是我现在没有这么多资源能用。

能做实验的只有手头这台电脑，还有一台三年前的。

更新下， 是少装了一个包，还有就是安装目录也要调整

bioapt

如果是SuSE的话， 安装完那个包他会自动设置好， 即在你的home
~/R/...../..../ 下面

不必去改系统变量。

如果不顺利， 可以贴出来错误信息给我看， 或者发给我短消息 MSN都行。 不用客气，  不是生人，  认识好多年了。

orionsnow

如果是SuSE的话， 安装完那个包他会自动设置好， 即在你的home
~/R/...../..../ 下面

不必去改系统变量 ...
bioapt 发表于 2010-11-2 22:16

磕磕绊绊的算搞定了。

我犯了好几个错误，

1 没有装你说的那个 R-devel

装好之后 那个包之后，关于那个包的报错消失了

2 然后我用su 用管理员密码登录，装mvtnorm还是不行。

然后我装rgl 也没有成功， 但是 Rcmdr 成功了。说明不是目录的问题。

3
然后我发现没有装  gfortran。

make： gfortran 说找不到。

然后输入  which gfortran 确认没有。

打开 Yast-Software-Software Management

输入fortran 里头一大堆。 我就装了libfortran 和gccfortran。

再安装mvtnorm 就成功了， 编译的时候出了几个warning， 说mvt.f 里头有未定义参数。

不过这个t 分布我不经常用，就不管了，现在算是免免强强装上了。

rgl 还没有装上，说少glu.h 文件

bioapt

cnf可以直接找包的。 很方便。
glu/glut是c/3d的的库文件，  yast可以找到的。

orionsnow

好了 rgl 搞定了，今天先到这里。

明天看看 cuda 能不能在 visual box 里头安装。如果不行的话，还要重新装次操作系统。