量子力学+基因组学 交叉学科 论文合集

orionsnow

怀疑在软物质这个层面上量子统计的有效性，我看还是先搞清了基因序列所包含的信息再说统计吧，而且楼主量子还未入门，就要量子统计 基因组，我持怀疑态度
熊猫羊 发表于 2009-8-8 22:54

谢谢指教，我刚才的回帖已经说了这个问题了。

我打算从统计+生物开始，等找到反例再引入量子力学（或者弦理论）

另外还有一个问题我可能没有说清楚， 量子基因组学不是我在这里说要建立的。 它早就存在了，已经有很多人在研究了，我只不过对这个很感兴趣，在这里开了这个讨论贴。 可能题目写的不是很准确。

对于统计基因组学，说实话高中的时候我就对生物学很感兴趣了，那时候生物学还不高考，是选修课。。。。。。。。中间过程省略吧，10年之后终于走到了这一步。

到现在我没有上过一节大学生物课，也没有相关学位，知识就靠平时看散书乱揪来的。

我觉得求学从来没有早晚，每天看一点，一点点积累就是了，一般简单点的事情10年总能够做出来一点。

老太爷2008

我觉得搞生物的现在有个不好的倾向。
就是‘唯心论’。
特别是把Quantum Information加进来。
物理概念不清晰，很容易犯混。
特别是测量理论这一块。


热力学第二定律放之四海而皆准的真理！
在反物质世界也成立！
可能在某个区域在特定条件下是有秩序增加的情况。
我们地球上到处都是例子，但是你看问题要看得更远点。


小范围的有序是以更大范围的无序作代价的。
不要只看到Focus的地方，要看Global，热库的变化，
你的所有交换：物质，能量，信息交换，都要有一个堆栈，弃置的地方！

以上只是我的个人观点。你就当我胡说。

orionsnow

我觉得搞生物的现在有个不好的倾向。
就是‘唯心论’。
特别是把Quantum Information加进来。
物理概念不清晰，很容易犯混。
特别是测量理论这一块。


热力学第二定律放之四海而皆准的真理！
在反物质世界也 ...
老太爷2008 发表于 2009-8-8 23:19

你说的范围太大了，把特列当成唯一了，我只不过是一个非主流而已。
而且你应该管我叫搞数学的。  就是那种有一张纸一根笔就！试图！可以演算上帝的那种。

老太爷2008

谢谢指教，我刚才的回帖已经说了这个问题了。

我打算从统计+生物开始，等找到反例再引入量子力学（或者弦理论）

另外还有一个问题我可能没有说清楚， 量子基因组学不是我在这里说要建立的。 它早就存在 ...
orionsnow 发表于 2009-8-8 23:09

我明白这个量子基因组学早就有了。
我说我不待见XX人，说的是那个Paper的作者，抢占学科概念高度。

各学科都有自己遵循的一套研究问题的方法。

你知道么？
在物理里面，证伪法和证实法还是有区别的。

证明一个东西不是错的，你证明一千遍，一万遍！
你都不能说它是正确的！
所以只要那个证实的个案没有出来，这事就没完！

这就是我们对直接证明和间接证明的态度！

在一点上去反击，不能服众。
特别是很多interpretation，
从Classical的角度可以得到和Quantum一样的结果。
慎重！

Anyway，你要做Habi了！
我恭喜你！
OS兄，你好好努力！祝你成功！

orionsnow

“热力学第二定律放之四海而皆准的真理！”

你这句话和爱因斯坦当年那句很学霸的“广义定律”很类似

“ 上帝不掷骰子” （放之四海而皆准的真理）

着宇宙中有真理存在么？ 说的太绝对了吧？

我是说海德堡很多年前就有人在研究生物是不违反热力学第二定律。我问起学物理的人来，很多人都说如果把地球生物和太阳联立成一个系统，那热力学第二定律还成立。

我就是问你有没有听说过有人研究成功了的，真的发现热力学第二定律会被打破的？没有听说过也不要这么激动吧？

但是我也不觉得我原来老师会犯这么简单的错误。 那就把这个作为第二个话题调查一下吧。

老太爷2008

我就是问你有没有听说过有人研究成功了的，真的发现热力学第二定律会被打破的？没有听说过也不要这么激动吧？
orionsnow 发表于 2009-8-8 23:27

热力学第二定律的事，伟大导师恩格斯有过论断。
那是从哲学的角度！
你看文革时的热力学书，一定有那句话。

所以我说，不同学科的人，世界观不同。
我是被Physical的钢印打的很深！

OK，你有你的老师的教诲。
偶老师，老师的老师也有‘斩钉截铁’的论断。

老太爷2008

怀疑在软物质这个层面上量子统计的有效性，我看还是先搞清了基因序列所包含的信息再说统计吧，而且楼主量子还未入门，就要量子统计 基因组，我持怀疑态度
熊猫羊 发表于 2009-8-8 22:54

我也是这么想的。
量子三大统计，麦克斯韦-波尔兹曼统计，玻色爱-因斯坦统计，费米-狄拉克统计。
我想不出来用什么去套！

因为Model都对不上。
量统系综只有热环境和物质环境。没有信息。
如果非要考虑，建议去看看布里渊的一些论述，
也许有启发。

我只能想到这么多了。

orionsnow

habi 的事情还没有定，如果找不到合适的题目或者题目太难，那就不做了。毕竟博士之后再斗就离圣斗士越来越近了，你看mekro 比我大两岁，小孩都两个了，我现在还在温饱线上挣扎呢。

第一部分找到点新资料，大概意思是说， 物理+生物， 是目前物理学研究的一个挑战，我补充到首页里头去了。

http://wwwcp.tphys.uni-heidelberg.de/challenges/index.php

和我的思路有点远，不过和老太爷的思路有点像，就是从正面推进过去的，也取得了不少成果，也是海德堡大学物理系做的。

Since some time the science community has singled out the grand challenges that science is facing. There are from the fields

    * Quantum Chromo Dynamics,
    * Biophysics,
    * Astrophysics and
    * Materials Science

Quantum Chromo Dynamics
(量子染色体力学？)  染色体的覆盖意义比基因组要小

Among them are challenges that cross the border between physics and biology. Due to the vast amount of data that is now available there is the possibility to understand living organisms as complex dynamic systems and to simulate their behavior. Biological processes occur on a wide range of spatial and temporal scales. The time scales of biological function range from very fast femtosecond molecular motions, to multi second protein folding pathways, to cell cycle and development processes that take place over the order of minutes, hours and days. Similarly, the dimensions of biological interest range from small organic molecules to multi-protein complexes, to cellular processes, to tissues, to the interaction of human populations with the environment. Thus one needs to understand how on the smallest scale conformational changes of molecules plus their interaction give rise to collective phenomena. Modelling the complex biological system is one of the greatest challenges due to the levels and scales involved. Physics can make a contribution leading to fundamental insights due to its tradition in modelling complex systems and its mathematical framework and computational approaches. Methods and theories from physics provide the tools and language of molecular structure from the smallest to the largest molecules and the fundamental laws to explain how molecules interact and form their three-dimensional shape.

If particular, todays grand challenges are:

    * the relationship between structure of molecules and high level complexes of molecules and their function (for example: What is the structure of the DNA in the nucleus and how does this structure govern DNA transcription; given the protein structure, what is its function)
    * protein structure and function (for example structure prediction; RNA structure prediction and DNA and RNA interactions with proteins)
    * cellular processes, mediated by interactions of signaling molecules and their cell surface receptors
    * biofluid dynamics
    * how does behavior emerge from properties of neurons and networks of neurons
    * what factors maintain biodiversity?

Common to these problems is the need for a theory for systems that combine stochastic and nonlinear effects, often in partially distributed systems.

老太爷2008

楼主，我认为唯一现实的处理方法，是随机的方法！
就是用蒙特卡洛的计算手段去拟合生物大分子衍化。

你有足够的自由度（如果你的计算机够拽），
强行插入一些因子，这些参量代表Quantum的，Classical的或者Semi-classical的特征属性，
卡上一些边界条件。
你运行一下，去和真实的情况对比。

我师兄做过这种东西，
不过是去检验科学仪器的系统误差。

祝你好运！

orionsnow

楼主，我认为唯一现实的处理方法，是随机的方法！
就是用蒙特卡洛的计算手段去拟合生物大分子。

你有足够的自由度（如果你的计算机够拽），
强行插入一些因子，这些参量代表Quantum的，Classical的或者Semi-cla ...
老太爷2008 发表于 2009-8-9 00:04

这是个好主意，不过还是我前边说的，你这个是从物理方向走过去的。

我是从统计+生物的角度走过去。 然后留下一些可能插入量子力学的空间，如果条件合适就插入量子知识，如果不合适就不用量子知识直接完成任务。这样的proposal 才有可能被一个精通数学+生物的老板通过。

统计和生物的角度就是用测量生物基因组的信息含量的方法来给量子力学制造机会。
我最近一直在找，不过还没有找到这种例子。

就是，一个生物进化的时候，在两代之间的信息增量超过了经典物理学所允许的最大增量。
就好象刚才那个论文里头一个不恰当的例子。 猴子随便敲电脑写出自己复杂生命方程的概率的概率都比大自然产生猴子的概率要高。 挺拗口的。

他说的这个过程太长了， 我在寻找的是 父母植物“有意识” 的 根据环境的变化产生了更合适的后代。而不是和孟德尔说的那样，后代是随机组合出来的。

如果是有意识的，那么后代的某种平均指标应该比随机组合无意识的平均指标要高。

这个指标应该是某种定义下的信息含量。

我鼓捣这个有段时间了，到现在基本定义还没有定义好，主要现在手头的真核生物数据都太长了。如果能有个专门研究病毒或者细菌的研究所就好了。